杨士奇虽然取得了朱允炆的支持，但在革新过程中，也遭遇到了很多阻碍，一个最大的阻碍，便是将数学与四书、五经相提并论，设为主课业。
国子监官员、礼部官员，几乎都反对这一决定。
在他们看来，四书五经乃是圣人之言，地位尊崇，不可动摇。数学虽是六艺之一，但还不能与四书五经相比。
杨士奇解释多次，也不见说得通，不得已，便将所有反对者召集到一起，以一句“数学乃副科之基”，肯定了数学学科的地位。
无论是任何学问，都需要数学作为支撑，一个没有数学底子的人，如何学习副课业？
商学，需要数学盘算成本与利润，需要求算税务。
农学，丈量土地，预估收成，税赋求算，买菜卖菜……
兵学，兵力几何，粮草多少，从南京到北平要走多远，需要走多久，打仗的时候杀敌多少，损伤多少，朝廷抚恤多少，哪一样不需要数学？
如此基础性学问，凭什么不能与四书五经相提并论？
解决了数学地位的问题，便是国子监学堂区域的划分问题，以课业为准，整个国子监又分为了三大主院与十二分院，并邀请各行优越之人，担任院长、博士、助教等。
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