玛雅遗民顽强抵抗殖民者由来已久，殖民者征服恰帕斯州的战争于1524年开始，但玛雅人拼死抵抗四年，直到1528年，才被迭戈·德·马扎里戈斯领导的部队镇压下去。
恰帕斯州殖民地时期发生了多次叛乱，历史学家强调了“1712年策尔塔尔起义”，甚至将其称为“坎库克共和国”或者“策尔塔尔共和国”。
原住民和殖民者之间敌对关系在1711年进入了新一轮的危机，原住民的抗争，挪用了天主教的圣母形象。在圣玛丽亚的左齐尔社区，据说“具有原住民特征的圣母”通过木凋向两名左齐尔村民显现，此事在邻近的社区中引起了骚动，宗教裁判所赶紧没收了这个木凋。
此外，政府的苛刻税收制度，以及主教收取的巨额佣金，加剧了社会的不满，导致成千上万的印第安人反叛新西班牙当局。
此时，圣母的身影再次出现，这次是坎库克社区的一名村民看到圣母显灵，这被起义军解释为新的信息，起义军为了保护这位“与圣母沟通的媒介”，组建了“圣女兵团”，汇集了32个策尔塔尔人、左齐尔人和乔尔人社区，队伍中有三千名民兵。
圣女兵团通过半秘密的宗教活动来招募支持者，从而使原住民坚持自己的组织结构，也保持了与王室相对独立的特性。
后来，在西班牙人的挑拨离间下，族裔间的冲突、领导人被收编，以及新西班牙军队的残酷打击，结束了“坎库克共和国”。
1727年，西班牙人逮捕了起义的肇事者及其子女，不使叛乱的种子逍遥法外。殖民者为了让起义者记忆中保留失败的印记，报复西班牙人被杀，并割下所有起义者的同谋者一只耳朵。
整个19世纪和20世纪，玛雅原住民的抵抗时而公开，时而隐蔽，但始终存在。该地区的原住民和整个美洲大陆的原住民一样，经历了浩劫，大部分人口被灭绝，是为人类历史上最大的种族灭绝。
但是，无论是通过加入独立军的行列，还是通过在革命期间加入萨帕塔领导下的南方解x军，恰帕斯的原住民仍然积极参与了墨西哥建国伟业。
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